#!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- """PCR 检测体系灵敏度：1 页证据地图 + 报告目录（对外技术资料版）。""" import base64 from pathlib import Path BASE = Path('/Users/liuxinyuan/Desktop/Hermes输出-工作类') OUT_HTML = BASE / ' Knowledge沉淀' if False else BASE / '知识沉淀' / 'PCR体系灵敏度_证据地图与目录_20261102_V01.html' LOGO = Path('/Users/liuxinyuan/work/公司资料/logo_transparent.png') def uri(p): return 'data:image/png;base64,' + base64.b64encode(p.read_bytes()).decode('ascii') LOGO_URI = uri(LOGO) # 六段因果链 chain = [ ('01', '取样与模板回收', '每反应有效拷贝数、提取回收率、基质抑制', 'LOD 的统计下限', '[3]'), ('02', '变性 / 模板可及', 'GC 含量、二级结构、片段完整性', '引物能否找到靶点', '[6]'), ('03', '引物 / 探针退火', 'Tm、ΔG、二级结构、引物二聚体', '退火占据率与特异性', '[6]'), ('04', '聚合酶结合 / 延伸', 'kcat/Km(dNTP)、processivity、延伸速率、活性酶比例', '扩增效率 E 的核心', '[4][5]'), ('05', '探针切割', '5′核酸酶切割效率、探针可及性、链置换', '每扩增子的信号产出', '[5]'), ('06', '信号 / 阈值', '背景荧光、淬灭效率、仪器增益、阈值算法', 'Ct 与 LOD95 的判定', '[1][3]'), ] clusters = [ ('A', '口径与统计', 'LOD95、E、Ct、临床灵敏度分别回答什么？', 'MIQE；MIQE 2.0；LOD/LOQ 方法（A）', '临床灵敏度不是 LOD 的同义词'), ('B', '酶动力学与结构', '哪些动力学量直接决定延伸与切割？', 'DNA 聚合酶动力学综述；TaqMan 机制研究（B*，厂商主导）；PDB 1TAU/1TAQ（A）', '同一 qPCR 条件下的突变体动力学数据少'), ('C', '配方与辅因子', '游离 Mg²⁺、dNTP/Mg、离子强度如何改变有效活性？', 'PCR 优化方法学（C）；MIQE 报告框架（A）', '配方多为经验矩阵，缺普适最优值'), ('D', '引探热力学', 'Tm/ΔG、二级结构、扩增子长度如何影响退火与切割？', 'qPCR 引探设计综述（B）；TaqMan 机制（B*）', '过度稳定探针会降低区分度'), ('E', '体系边界', '热启动、RT、样本基质与抑制剂如何改写结论？', 'PCR 抑制机制综述（A）；耐热 RT 工程（B）；热启动 Taq（B）', '不同样本基质需独立验证'), ('F', '临床灵敏度', '患者阳性检出比例由什么决定？', '诊断准确性基本定义（A）', '需临床样本与目标人群，不能由酶学推算'), ] toc = [ ('00', '摘要：一张图看懂灵敏度'), ('01', '四个口径：LOD95、E、Ct、临床灵敏度'), ('02', '串联模型：从样本到阈值'), ('03', '酶学：kcat/Km、processivity、延伸速率、5′核酸酶'), ('04', '蛋白结构：A 家族结构域与结构–功能权衡'), ('05', '配方：游离 Mg²⁺、dNTP/Mg、离子强度、添加剂'), ('06', '引探：Tm/ΔG、二级结构、扩增子、探针切割'), ('07', '边界：热启动、RT-qPCR、样本基质与抑制剂'), ('08', '正向 / 负向调整矩阵：条件、收益、代价'), ('09', '实验验证：DoE 与 LOD95 确认'), ('10', '证据表、缺口清单、术语表'), ] refs = [ ('[1]', 'Bustin SA, et al. MIQE guidelines. Clin Chem. 2009. DOI 10.1373/clinchem.2008.112797'), ('[2]', 'Bustin SA, et al. MIQE 2.0. Clin Chem. 2025. DOI 10.1093/clinchem/hvaf043'), ('[3]', 'Methods to determine LOD/LOQ in qPCR. Biomol Detect Quantif. 2017. DOI 10.1016/j.bdq.2017.04.001'), ('[4]', 'Kuznetsova AA, et al. Structural and molecular kinetic features of DNA polymerases. IJMS. 2022. DOI 10.3390/ijms23126373'), ('[5]', 'Cao Q, et al. Mechanism and application of Taq DNA polymerase in TaqMan qPCR. Front Bioeng Biotechnol. 2026. DOI 10.3389/fbioe.2026.1773703（Vazyme 主导）'), ('[6]', 'qPCR primer design revisited. Biomol Detect Quantif. 2017. DOI 10.1016/j.bdq.2017.11.001'), ('[7]', 'PCR: basic protocol plus troubleshooting and optimization. J Vis Exp. 2012. DOI 10.3791/3998'), ('[8]', 'Sidstedt M, et al. PCR inhibition in qPCR, dPCR and MPS. Anal Bioanal Chem. 2020. DOI 10.1007/s00216-020-02490-2'), ('[9]', 'RCSB PDB: Taq polymerase–DNA complexes 1TAU / 1TAQ'), ('[10]', 'Šimundić AM. Measures of diagnostic accuracy: basic definitions. Biochem Med. 2009. PMC4975285'), ('[11]', 'Kuznetsova AA, et al. Thermostable reverse transcriptase for RT-PCR. Biomolecules. 2025. DOI 10.3390/biom15111507'), ('[12]', 'Lee SJ, et al. Direct and hot-start PCR with Taq. IJMS. 2023. DOI 10.3390/ijms241411405'), ] chain_html = ''.join(f'''
{n}
{t}{p}
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''' for n, t, p, e, ref in chain) cluster_html = ''.join(f''' {c} {name}
{q} {src} {gap} ''' for c, name, q, src, gap in clusters) toc_html = ''.join(f'
{n}{t}
' for n, t in toc) refs_html = ''.join(f'
{n} {r}
' for n, r in refs) HTML = f''' PCR 检测体系灵敏度 · 证据地图与报告目录
宝锐生物 BIORI BIOTECH
PCR 检测体系 · 技术证据地图
2026-11-02 / 01
PCR SENSITIVITY · EVIDENCE MAP

PCR 检测体系灵敏度 从样本到阈值的证据地图

TaqMan qPCR 为主；RT-qPCR 单列一章；同时看 LOD95、扩增效率 E、Ct 与临床灵敏度。本页用于确认报告结构，不作为最终技术结论。
灵敏度是串联系统的总结果，
不是单一酶活指标。
低拷贝时，取样体积与 Poisson 分布先设下限；酶学参数决定“能否高效延伸”，配方决定“酶与底物的有效状态”，引探决定“能否特异退火并被切割”。任何一个环节的损失，都会抵消另一环节的增益。
因果链 / CAUSAL CHAIN
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证据簇 / EVIDENCE CLUSTERS
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簇核心问题代表证据（等级）主要缺口
等级：A 同行评审且直接相关｜B 同行评审但间接/体系特异｜B* 厂商主导研究，需独立互证｜C 方法学/协议｜G 缺口。临床灵敏度不进入酶学因果链，单独作为诊断准确性指标处理。
正向调整 / 需有条件processivity↑ · kcat/Km(dNTP)↑ · 游离 Mg²⁺ 滴定 · Tm/ΔG 匹配 · 短扩增子 · 热启动 · 基质前处理
负向作用 / 常见反向Mg²⁺/dNTP 过量 · 高盐/甘油 · 探针过度稳定 · 引物二聚体 · 长扩增子/高 GC · 反复冻融 · 基质抑制剂
报告目录 / CONTENTS对外技术资料版 · 以客户能理解的因果链组织，不按论文罗列
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BIORI BIOTECH珠海宝锐生物科技有限公司 · 0756-8699969 · marketing@biori.com 守护生命健康，缔造美好生活
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